深覆合的原因有上下颌骨垂直向生长不匹配，骨骼生长异常的逆时针旋转，下颌升支生长不足或者前牙过度深长，或者后牙高度不足。牙齿位于舌肌、颊肌、口周肌肉合咬合力的动态平衡中。
肌肉功能异常也会导致深覆合，因此深覆合的治疗要先分析原因，然后才有打开咬合的方法。
关于深覆合正畸：
（1）生长发育期深覆合：深覆合的治疗升高后牙，或者压低前牙或者两者同时进行。生长发育期的深覆合要比生长结束的深覆合容易做。毕竟下颌是向前向下生长的，这种生长方向有利于深覆合改善。下颌升支的生长在后牙区产生的颌间间隙能够允许后牙伸长而不会改变下颌平面的角度
（2）高角II类深覆合：深覆合的治疗要么升高后牙，要么压低前牙或者两者同时进行。对于成人的II类深覆合，升高后牙往往不稳定容易复发，同时后牙伸长使下颌向下向后旋转使II类加重。此时打开咬合的重点是压低前牙。
（3）低角闭锁性深覆合: 如果想升高后牙打开咬合，后牙升高不能超过息止颌间隙。平均高度是2-4mm.后牙升高如果超过息止颌间隙，嚼肌的力量使深覆合容易复发。比如低角的II类II分类，息止颌间隙比正常值大，可以允许伸长后牙。
（4）深覆合伴随露龈笑: 对于压低前牙，到底压低上前牙还是下前牙？这时候要考虑唇肌的位置。患者大笑时露牙龈，这时候要压低上前牙和下前牙。如果没有露牙龈笑，这时候主要集中压低下前牙或者考虑升高后牙打开咬合。对于有开唇露齿闭嘴困难的深覆合，不适合升高后牙，需要压低前牙。
（5）人中过长的深覆合：对于唇肌松弛过长的深覆合比较适合升高后牙。最好还能有升支的生长空间。前牙唇倾也有助于打开咬合。有些深覆合病例可以考虑不拔牙扩弓唇倾前牙。但是如果后牙升高超过后牙息止合间隙，嚼肌的力量容易使深覆合复发。